The filamentous bacteria Streptomyces are widespread inhabitants of terrestrial soils.

Lysosomal glycosidases are acid hydrolases that fragment glycoconjugates in lysosomes.

The work in this thesis has been focused on two subjects. The first is the assembly of alginate oligosaccharides and the generation of building blocks for the enzymatic synthesis of alginate, and the second is the total synthesis of large fragments of the zwitterionic SP1 polysaccharide.

Agrobacterium tumefaciens, a gram-negative plant pathogen belonging to the family Rhizobiaceae, is the causative agent of crown gall disease, which can affect many plant species including agronomically important ones.

Pseudomonas Aeruginosa is a Gram-negative bacterium which can form biofilms, increasing its resistance against antibiotics and the host immune system. Polysaccharides are an integral part of this biofilm, one of these polysaccharides is called Psl. PslG is a glycosidase, able to cleave this polysaccharide,…

Drug development is a time- and resource-consuming process that starts with the discovery and validation of a (protein) target that contributes to pathogenesis or disease progression.

Promotores: G.W. Canters, T.J. Aartsma

This thesis describes the structural and biochemical characterization of the β-lactamase BlaC from Mycobacterium tuberculosis (Mtb), and the Alr and YlmE proteins from Streptomyces coelicolor A3(2).Mtb is the main cause of tuberculosis.

Growth and development affect the metabolism of drugs administered to neonates, infants, and children.

The lysosomal β-glucosidase named glucocerebrosidase (GCase) is a retaining β-glucosidase that hydrolyzes the glycosphingolipid glucosylceramide (GlcCer) to ceramide and glucose at acid pH.

Atherosclerosis is the most important underlying process that drives cardiovascular disease, and is characterized by an accumulation of cholesterol which triggers an inflammatory response in the vessel wall.

To this day, all cyclophellitol-based inhibitors and ABPs have been close analogues of their natural substrate counterparts. As a result, these probes showed high selectivity towards their target glycosidases.

According to the amyloid cascade hypothesis, accumulation of beta-amyloid (Aβ) peptides initiates the pathological cascade in Alzheimer's disease (AD).

In this thesis, a system pharmacology approach, integrating metabolomics, pharmacology and chemical biology, was applied to understand and modulate the endocannabinoid system across different model systems (cells, zebrafish, mice and humans).

Glycosidases are essential in fundamental biological processes and are responsible for the degradation of most (oligo)saccharides, glycolipids and glycoproteins.

The electrochemical oxygen reduction reaction (ORR) is an essential half-reaction for the utilization of hydrogen as a sustainable fuel, via the conversion of hydrogen to electrons and protons facilitated by the ORR. In the most common fuel cells, the ORR is requires high loadings of non-abundant platinum…

Phosphorylation affects all four major biomolecules – proteins, lipids, carbohydrates and nucleic acids – and plays a pivotal role in the most fundamental cellular functions.

Promotie

This thesis describes the synthesis and biochemical evaluation of a variety of cyclophellitol based activity-based probes and inhibitors targeting various endo- and exo-acting retaining glycosidases. In the last two decades a variety of probes and inhibitors for (hemi)cellulose degrading enzymes have…

Negentien Leidse recent gepromoveerde onderzoekers kregen deze herfst een Veni-subsidie van NWO toegekend, zeven daarvan zijn voor onze faculteit. Elke onderzoeker krijgt 250.000 euro voor drie jaar onderzoek. Landelijk werden161 projecten gehonoreerd.

Dr. Arthur Ram is met ingang van 1 september 2016 benoemd tot Opleidsingsdirecteur van de bacheloropleiding Biologie. Hij volgt daarmee Johan Memelink op.

Leids microbioloog Arthur Ram gaat in samenwerking met Peter Westgeest van Generation of Change VOF piepschuimvervanger produceren uit hernieuwbaar restafval. Hiervoor heeft de Nederlandse Organisatie voor Wetenschappelijk Onderzoek (NWO) een KIEM premie beschikbaar gesteld.

Dr. Peter J. Punt, werkzaam bij TNO, is benoemd tot bijzonder hoogleraar Industriële Biotechnologie en gaat zich richten op de moleculaire genetica van filamenteuze schimmels.

BRAIN Biotech en het Instituut Biologie Leiden (IBL) van Leiden Universiteit gaan samen een Aspergillus schimmelstam verder ontwikkelen. Deze zal in staat zijn meer te produceren en daarmee een biologische circulaire economie stimuleren. De samenwerking is gebaseerd op BRAINs moleculaire hulpmiddel…

Hermen Overkleeft ontving samen met Bobby Florea een Zenith subsidie ​​van het Horizon-programma van het Nederland Genomics Initiative voor hun voorstel Quantative functional enzyme profiling: a versatile strategy to monitor disease progression and to validate new therapeutic strategies'.

Baanbrekend werk van een Europees consortium maakt het mogelijk om eenvoudig nieuwe enzymen te ontdekken en te bestuderen. Het consortium publiceert de nieuwe technologie in het gezaghebbende open access tijdschrift ACS Central Science.

Schimmels die groeien in de longen van patiënten. Dat klinkt onprettig, toch? Gelukkig kunnen mensen hier normaal prima mee omgaan, en de infectie zelfstandig verhelpen. Maar als er al andere gezondheidsissues spelen, kan Aspergillose wel schade aanrichten. Zeker als de schimmel resistent is tegen antibiotica.…

Dertien Leidse studenten zijn een crowdfundingsactie gestart om geld in te zamelen voor onderzoek naar mogelijkheden om planten op Mars te verbouwen. Zij dragen hiermee bij aan de kennis van het heelal. Het project maakt deel uit van de iGEM-wedstrijd.

Afgelopen week schreef de Volkskrant een uitgebreid artikel over de bizarre levensvorm die ontstaat, wanneer een bacterie geen celwand meer heeft – een soort barbapapa’s. Eén van de experts die aan het woord komt is Leids microbioloog Dennis Claessen. Door in zijn lab bacteriën bloot te stellen aan…

Waarom verliezen sommige bacteriën onder invloed van stress hun beschermende celwand? Microbioloog Dennis Claessen van het Instituut Biologie Leiden ontvangt van NWO een Vici-beurs van 1,5 miljoen euro om deze paradoxale eigenschap te onderzoeken.

Promotie

De keten die patiënten voorziet van nieuwe medicijnen, bestaat uit diverse complexe schakels: van fundamentele wetenschap, tot klinische tests, tot productie. Deze hele keten is aanwezig in Leiden. De Universiteit Leiden, het Leids Universitair Medisch Centrum (LUMC) en de bedrijven op het Leiden Bio…

Van pipetteren in het lab naar stralend voor de camera bij een wereldwijd studentenevenement. Met 8.000 kijkers op de livestream presenteerde Marjolein Crooijmans dit jaar de iGEM Giant Jamboree in Parijs.

Het Natuurwetenschappelijk Gezelschap Leiden (NGL) vierde op vrijdag 24 april 2015 haar 145 jarig bestaan met een lustrumexcursie naar het Instituut voor Biologie Leiden (IBL), Universiteit Leiden. Hier kregen de leden en gasten, waaronder veel alumni, een kijkje achter de schermen van het instituut…

Onderzoek om te experimenteren met bacteriën die groeien zoals planten heeft een NWO ENW-XS beurs ontvangen. De bacteriën gebruiken enkel licht en carbondioxide voor hun ontwikkeling, en zijn specifiek voor het gebruik in de biotechnologie. Tijn Delzenne en begeleider Dennis Claessen krijgen 50.000…

Wetenschappers van de Universiteit Leiden hebben een doorbraak bereikt in de bestudering van de erfelijke stofwisselingsziekte van Pompe. Samen met hun Yorkse collega’s ontwierpen zij een molecuul dat zich bindt aan het enzym dat aan de basis staat van het ziekteverloop. De bevindingen zijn gepubliceerd…

Draadvormige bacteriën maken cellen die geen celwand meer hebben onder invloed van osmotische stress. Een opvallende ontdekking, aangezien de celwand als bescherming dient voor bacteriën. Het zou kunnen verklaren hoe ziekteverwekkende bacteriën zich in ons lichaam kunnen schuilhouden voor ons immuunsysteem.…

Veertien bachelor- en masterstudenten vertegenwoordigen dit jaar Leiden in de International Genetically Engineered Machine wedstrijd iGEM. Hun plan: een test maken die snel in staat is om besmettelijke ziektes te identificeren in het geval van een uitbraak.

E. coli-bacteriën gebruiken om een giftige verbinding in de bodem van Mars om te zetten naar zuurstof, zodat leven hier mogelijk wordt. Met dit idee doet een team van dertien Leidse studenten mee aan de jaarlijkse iGEM-competitie. Een internationale wedstrijd waarin studenten maatschappelijke problemen…

Het Leidse iGEM-team heeft hoge ogen gegooid tijdens de Grand Jamboree in Parijs. De biologiestudenten werden met hun project PHAse Out tweede in de categorie Overgraduate. Ook namen ze awards voor Best Biomanufacturing Project, Best Wiki en Best Entrepreneurship én een Gouden Medaille mee naar huis.…

Oratie

Oratie

Zijn Weyldeeltjes de ideale geleiders? Spelen celwandloze cellen een rol in chronische Tuberculose-infecties? Deze vragen willen Carlo Beenakker en Dennis Claessen beantwoorden. Ze ontvingen hiervoor een ENW-KLEIN-subsidie van NWO. Met de beurzen wil NWO vernieuwend, fundamenteel onderzoek stimulere…

Dennis Claessen is benoemd tot hoogleraar Moleculaire microbiologie aan het Instituut Biologie Leiden. Met zijn onderwijs en onderzoek aan de celwand hoopt de hoogleraar bruggen te slaan naar toepassingen in de industrie en medische sector.

Team Leiden gaat door naar de finale van de Academische Jaarprijs. Het team onderzoekt hoe ziekenhuisbacterien ontstaan en hoe de juiste antibiotia gevonden kunnen worden. Met de uitbraak van de EHEC-bacterie in het achterhoofd kan de speurtocht van Team Leiden het verschil gaan maken!

Professor Paul Hooykaas en Dr. Remko Offringa sleepten namens het IBL de subsidies binnen. Het onderzoek van Hooykaas gaat over het transportsysteem van de bodembacterie Agrobacterium tumefaciens en het onderzoek van Offringa over het proces van somatische embryogenese.

Een team van Leidse en Groningse studenten is door naar de Europese finale van de BISC-E competitie. In deze jaarlijkse wedstrijd moeten studenten een duurzame oplossing bedenken voor een groot maatschappelijk probleem. Het team bedacht SuckerSpheres: een natuurlijk alternatief voor de plastic microbeads…

Team Leiden zit met het project Antibiotica Gezocht! in de finale van de Academische Jaarprijs 2011. Ter ondersteuning van dit project is er door de Universiteit Leiden voor gekozen om een multifunctionele website op te zetten.

Bierafval omzetten in een nuttig, duurzaam product. Dat was de missie Leidse studenten van het internationale BISC-E evenement. De biologiestudenten leefden zich met succes uit op deze opdracht. Ze wonnen de derde plaats bij de Nederlandse competitie, met de simpele formule: granen + schimmel = onde…